Aeon's End : Une Ère Nouvelle introduit le système d'Expédition qui permet aux joueurs de rejouer tout le contenu qu'ils possèdent sous la forme d'une courte campagne.
Après chaque partie, les joueurs recevront de nouveaux trésors et des cartes de joueur qui leur permettront de devenir plus puissants. Cependant, les ennemis que les joueurs devront affronter deviennent de plus en plus forts à chaque bataille.